Sin embargo, su aplicación en la industria alimentaria es muy limitada, principalmente por el desconocimiento que tienen las empresas sobre estas técnicas. En la actividad demostrativa "Técnicas de secuenciación de nueva generación para el control de microorganismos patógenos y alterantes de la industria alimentaria", con la financiación del Departamento de Acción Climática, Alimentación y Agenda Rural, de la Generalidad de Cataluña, el equipo de investigación del programa de Calidad y seguridad alimentarias del Instituto de Investigación y Tecnología Agroalimentarias (IRTA) pretende demostrar al sector agroalimentario catalán que esta técnica permite realizar un control microbiológico de los alimentos y del ambiente de procesamiento y minimiza el riesgo de contaminación cruzada de los alimentos. Así pues, se demostrará su potencial para mejorar la seguridad y la calidad de los alimentos frente a las técnicas microbiológicas tradicionales.

La nueva generación de tecnologías de secuenciación (del inglés, Next Generation Sequencing, NGS) permite recoger información de una muestra a escala genómica para identificar su secuencia de los fragmentos de DNA o la variación de los niveles de expresión de los genes en un tiempo relativamente corto y a un coste relativamente bajo. La aplicación de las técnicas de NGS en seguridad y calidad alimenticia tiene el potencial para abordar cuestiones que los métodos microbiológicos tradicionales no pueden resolver. «La aproximación al ecosistema alimentario desde diferentes ópticas, como la metagenómica, la metatranscriptómica, la metaproteómica y la metabolómica, permite una visión integral de qué microorganismos están presentes, cómo se comportan, cómo interactúan y cuáles son las manifestaciones fenotípicas en el mismo ámbito complejo», explica Belén Martín, investigadora del programa de Calidad y seguridad alimentarias del IRTA y responsable del proyecto.

A lo largo del proyecto se identificarán las técnicas que pueden aportar más beneficios y cuáles son los intereses específicos de las empresas por su implementación. Se realizarán encuestas a las empresas del sector para determinar el interés e implicación de la empresa en la caracterización microbiológica de sus productos, tanto a nivel de microorganismos patógenos como de microorganismos alterantes. También se realizará un estudio metataxonómico de muestras aportadas por empresas del sector, tanto de alimentos como del ambiente de procesamiento, para identificar los microorganismos responsables de la alteración de los productos de cada empresa, así como las principales fuentes de contaminación cruzada del ambiente de procesado.