La Comisión de Coordinación de AESAN, adscrita al Ministerio de Consumo, está integrada por su  presidente (el secretario general  de Consumo y Juego), dos vicepresidentes (la secretaria de Estado de Sanidad y el secretario general Agricultura y Alimentación). Además, contará con seis vocales (dos representantes de cada ministerio) y un secretario, designado por el secretario general de Consumo y Juego. Ninguno recibirá retribución económica por pertenecer a este órgano y su organización y funcionamiento será atendido con los medios personales y materiales de los tres ministerios. Por tanto, no supone incremento del gasto público.

La creación de la Comisión de Coordinación articula el régimen de dependencia funcional de la agencia con los tres ministerios. El Consejo de Ministros cumple así con lo dispuesto en el Real Decreto 139/2020, de 28 de enero, por el que se establece la estructura orgánica básica de los departamentos ministeriales. La AESAN es el organismo autónomo dedicado a la promoción de la seguridad alimentaria y la nutrición saludable en el marco competencial de la Administración General del Estado. Su trabajo contribuye al cumplimiento del mandato constitucional de proteger la salud de todos los ciudadanos.